En el marco de su gestión como integrante del GACH, el Dr. Paganini, junto a los Dres. Henry Cohen y Rafael Radi, fue galardonado por la Asociación Rural del Uruguay y el diario El País por su aporte a nuestro país durante la pandemia del Covid-19. Participó en el acto el presidente de la República, Dr. Luis Lacalle Pou, así como otras autoridades del gobierno.
En esa oportunidad, el presidente agradeció y recalcó la importante labor y el destacado nivel de los tres científicos. El evento se llevó a cabo el 9 de setiembre de 2020 en las instalaciones de la Expo Prado.
Asimismo, en octubre de 2020 Paganini recibió un reconocimiento por parte del Parlamento de Uruguay, junto a los Dres. Cohen y Radi, por su contribución al manejo de la pandemia.
Adicionalmente, en diciembre de 2020 fue homenajeado por la Academia Nacional de Ingeniería con relación a sus actividades en el marco de la pandemia del coronavirus, junto a los Ings. Breogán Gonda, Nicolás Jodal y Gastón Milano.